AI-TRACK – Molecular tracking on Avian Influenza
Les épizooties récurrentes d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) survenues depuis 2015 ont eu un impact sanitaire et économique durable sur les filières avicoles.
L’aviculture française se distingue par l’importance des filières sous signe de qualité, productions très largement représentées dans le territoire de la région Occitanie. La gestion des risques sanitaires, et en particulier la circulation des virus de l’influenza aviaire, constitue aujourd’hui un nouveau défi à relever pour sécuriser durablement l’avenir des filières avicoles de la région, marquées par un très fort ancrage territorial et un mode d’élevage particulier incluant une phase d’élevage en plein-air.
C’est dans ce contexte que le projet AI-TRACK se propose d’étudier les modes de transmission des virus de l’influenza aviaire entre élevages et aux interfaces entre l’avifaune sauvage et les élevages, et d’évaluer l’efficacité et les performances de différents outils et stratégie de surveillance (analyses moléculaires, sérologie) et de contrôle (vaccination, abattage). Le projet AI-TRACK est basé sur la combinaison d’approches analytiques variées (analyses moléculaires, diagnostic, modélisation, écologie), permises par la complémentarité de compétences des trois partenaires :
- ENVT (UMR IHAP) : virologie et épidémiologie (modélisation), expertise influenza aviaire en France
- CIRAD (UMR ASTRE) : épidémiologie et écologie de la faune sauvage, expertise influenza aviaire au Sud
- IDVET : Partenaire privé du projet, l’entreprise est spécialisée dans le développement, la production et la commercialisation de tests (ELISA/PCR) pour le dépistage des maladies chez les animaux de rente. Par un fort investissement en recherche & développement intensive, IDvet se positionne comme un des leaders mondiaux en diagnostic vétérinaire.
Le projet AI-TRACK a été lancé en janvier 2019. Il est construit sur une durée de 36 mois et s’articule en trois lots de travail complémentaires :
Lot 1 : Etude du pathobiome pour caractériser les interfaces avifaune sauvage / élevages avicoles plein-air :
Ce lot de travail vise à préciser le rôle épidémiologique de l’avifaune sauvage commensale dans les élevages avicoles vis-à-vis des virus de l’influenza aviaire.
Lot 2 : Modélisation de la transmission inter-élevage et avifaune-élevage, et évaluation de l’efficacité de différentes stratégies de contrôle :
Ce lot de travail a pour objectif général d’identifier des stratégies optimisées de surveillance et de lutte contre l’influenza aviaire hautement pathogène les filières avicoles (en particulier canard gras) du sud-ouest de la France.
Lot 3 : Evaluation épidémiologique d’outils innovants pour la détection précoce des virus de l’influenza aviaire en condition de terrain (dans les compartiments volaille, avifaune, environnement)
Ce lot de travail propose d’évaluer les performances d’outils existants et de les confronter à des outils en développement en conditions de terrain et dans des contextes variés. La finalité est de proposer les outils moléculaires et sérologiques qui offriraient des performances les plus robustes, quelques soient les situations rencontrées.
Le projet AI-TRACK est construit en concertation avec les acteurs du monde professionnel (représentants des filières, services de l’Etat). Il s’inscrit dans la continuité et en complémentarité des projets de formation et de recherche développés par l’UMR IHAP ENVT sur la thématique influenza aviaire.
Le projet bénéficie du soutien financier du Fonds Européen de Développement Régional (FEDER) et de La Région Occitanie, dans le cadre de l’appel à projet « Recherche et société(s) 2018 ».
Publications associées au projet
Le Gall-Ladevèze, C., Guinat, C., Fievet, P., Vollot, B., Guérin, J. L., Cappelle, J., & Le Loc'h, G. (2022). Quantification and characterisation of commensal wild birds and their interactions with domestic ducks on a free-range farm in southwest France. Scientific reports, 12(1), 9764.
Filaire F., Lebre L., Foret-Lucas C., Vergne T., Daniel P., Lelièvre A., de Barros A., Jbenyeni A., Bolon P., Paul MC., Croville G., Guérin JL. (2022) Dust as sample for detection of highly pathogenic avian influenza virus (H5, clade 2.3.4.4b) in poultry farms, France, 2021. Emerging Infectious Diseases.
Chakraborty D., Guinat C., Müller N.F., Briand F.X., Andraud M., Scoizec A., Lebouquin S., Niqueux E., Schmitz A., Grasland B., Guérin J.L., Paul M.C., Vergne T. (2022) Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016-17. Transboundary and Emerging Diseases.
Bauzile B., Sicard G., Guinat C., Andraud M., Rose N., Hammami P., Durand B., Paul MC., Vergne T. (2022) Unravelling direct and indirect contact patterns between duck farms in France and their association with the 2016-2017 epidemic of highly pathogenic avian influenza (H5N8). Preventive Veterinary Medicine.
Le Gall-Ladevèze C, Nouvel LX, Souvestre M, Croville G, Hygonenq MC, Guérin JL, Le Loc'h G. Detection of a novel enterotropic Mycoplasma gallisepticum-like in European starling (Sturnus vulgaris) around poultry farms in France. Transbound Emerg Dis. 2021 Nov 5. doi: 10.1111/tbed.14382. Epub ahead of print. PMID: 34738732.
Delpont M., Guinat C., Guérin J.L., Le leu E., Vaillancourt J.P., Paul M.C. (2021) Biosecurity measures in French poultry farms are associated with farm type and location. Preventive Veterinary Medicine.
Guinat, C., Durand, B., Vergne, T., Corre, T., Scoizec, A., Lebouquin-Leneveu, S., Guérin, J.L., Paul, M.C. (2020) Role of live duck movement networks in shaping avian influenza disease transmission, France 2016-17. Emerging Infectious Diseases.
Filaire F., Lebre L., Foret-Lucas C., Vergne T., Daniel P., Lelièvre A., de Barros A., Jbenyeni A., Bolon P., Paul MC., Croville G., Guérin JL. (2022) Dust as sample for detection of highly pathogenic avian influenza virus (H5, clade 2.3.4.4b) in poultry farms, France, 2021. Emerging Infectious Diseases.
Chakraborty D., Guinat C., Müller N.F., Briand F.X., Andraud M., Scoizec A., Lebouquin S., Niqueux E., Schmitz A., Grasland B., Guérin J.L., Paul M.C., Vergne T. (2022) Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016-17. Transboundary and Emerging Diseases.
Bauzile B., Sicard G., Guinat C., Andraud M., Rose N., Hammami P., Durand B., Paul MC., Vergne T. (2022) Unravelling direct and indirect contact patterns between duck farms in France and their association with the 2016-2017 epidemic of highly pathogenic avian influenza (H5N8). Preventive Veterinary Medicine.
Le Gall-Ladevèze C, Nouvel LX, Souvestre M, Croville G, Hygonenq MC, Guérin JL, Le Loc'h G. Detection of a novel enterotropic Mycoplasma gallisepticum-like in European starling (Sturnus vulgaris) around poultry farms in France. Transbound Emerg Dis. 2021 Nov 5. doi: 10.1111/tbed.14382. Epub ahead of print. PMID: 34738732.
Delpont M., Guinat C., Guérin J.L., Le leu E., Vaillancourt J.P., Paul M.C. (2021) Biosecurity measures in French poultry farms are associated with farm type and location. Preventive Veterinary Medicine.
Guinat, C., Durand, B., Vergne, T., Corre, T., Scoizec, A., Lebouquin-Leneveu, S., Guérin, J.L., Paul, M.C. (2020) Role of live duck movement networks in shaping avian influenza disease transmission, France 2016-17. Emerging Infectious Diseases.